查重会将脚注包括在内的原因主要是，查重系统无法分辨引用内容的实际来源，就会按照所扫描到的文档进行统一标准进行识别比较。因此，查重系统会对脚注、参考文献等进行查重，如果这部分内容出现在论文中，会被视为学术不端行为。
为了应对这种情况，建议在论文中引用时，尽量采用文中的格式方式进行引用，并确保引用的所有内容在系统中都能找到对应的标准格式。同时，为了保证论文的原创性，尽量不要复制太多别人的内容，以防影响论文查重结果。
查重系统检测到脚注相关信息的原因可能是：
1. 查重系统数据库收录了部分脚注信息：大多数查重系统收录了部分论文的脚注信息，包括参考文献和尾注。因此，如果论文中含有脚注，查重系统会将其视为重复内容。
2. 引用格式不正确：如果脚注格式没有正确设置，查重系统无法正确识别脚注内容，将其视为引用项，从而导致检测到脚注信息。
3. 使用了相似度较高的脚注文摘：如果引用的脚注文摘与系统数据库中的某些文摘相似度较高，也会被误判为重复内容。
为了防止脚注信息被检测到，建议在修改论文时注意脚注格式，并尽量引用原创内容。同时，使用正确的引用格式也是避免查重时误判的关键。
查重系统在检测过程中，主要针对的是论文内容中的文字部分，而对于脚注、参考文献等部分通常不会涉及。然而，如果脚注中包含大量重复内容，查重系统可能会将其视为重复文本进行处理。此外，查重系统可能无法正确识别脚注和正文部分的引用，从而导致误判为正文部分的内容。为了避免这种情况的发生，建议在撰写论文时规范引用格式，并适当调整脚注内容，以确保其符合查重系统的检测规则。
另外，不同学校要求的引用格式不同，比如GB/T 7714-2015（知网）和APA、MLA等，在提交查重前，建议仔细检查论文的引用格式是否正确。正确的引用格式有助于查重系统更好地识别引用部分，从而降低重复率。
