查重系统自动去掉的主要是由于引用而被标示的内容，比如文字下方带有【引用】字样的部分，这部分内容不会计入到论文的总字数中。此外，查重系统一般不会去除标红的内容，但可以将其替换为自己的内容，在论文撰写时，标红内容修改为与查重系统数据库中相似的内容即可。
以上内容供参考，可以咨询有经验的专业人士了解更多。
查重系统自动去掉的参考文献相关信息包括：
引用文献的作者姓名。
引用文献的出版年。
引用文献的摘要。
引用文献的页码。
引用文献的章节信息。
这是因为查重系统中的数据库虽然可以收录大部分文献的信息，但是并不完全，对于一些比较冷门或者小众的文献，比如某些学术期刊、专业书籍等，可能部分内容不被收录，但是其章节信息会被保留。因此，查重系统会自动去除以上相关信息，以确保检测结果的准确性。
此外，需要注意的是，在论文中引用参考文献时，需要按照正确的格式进行标注，否则查重系统可能无法正确识别引用部分，从而导致检测结果不准确。
查重系统自动去除的注意事项通常包括：
1. 图片和表格中的重复内容：查重系统无法识别图片和表格中的内容，因此这些部分被视为不重复的内容。
2. 引用文献：如果论文中引用的文献部分与其他部分一样，查重系统会自动去除引用部分，因为引用是论文的一部分，所以会被系统识别并去除。
3. 相似度较低的部分：如果论文中相似的内容较少，查重系统会自动忽略这部分内容。
4. 检测系统的设置：检测系统通常会设置一个阈值，当检测到论文中相似的内容达到一定比例时才会被标红。因此，如果论文中某些部分相似度较低，这部分内容可能会被检测系统自动忽略。
需要注意的是，不同的查重系统可能会有不同的处理方式，因此在使用不同的查重系统时，需要注意查看系统的具体说明和规则。同时，为了降低论文的重复率，需要合理安排引用的内容，避免过度引用参考文献，同时注意保持论文的整体逻辑和连贯性。
