查重系统检测到参考文献出现红色，通常意味着该部分内容重复率过高，不符合学校规定的查重标准。这可能是由于以下原因：
1. 直接复制粘贴：在写作过程中，如果直接复制了大量内容而没有注明出处，这部分内容在查重时就会标红。
2. 文献引用格式错误：不同的查重系统可能对参考文献的格式要求不同，如果参考文献的格式错误，也可能会导致查重系统无法正确识别引用部分，从而造成标红。
3. 使用了通用格式：部分查重系统对通用格式的参考文献有一定的识别难度，可能无法准确区分参考文献部分，造成标红。
4. 间接引用导致重复率过高：例如，部分学生认为自己的引用内容没有达到查重标准，于是将其放在了同一篇文章的不同地方，但由于引用的部分内容并没有进行适当的修改，导致这部分内容与其他文字相似，从而造成标红。
为了解决这个问题，建议在写作过程中注意引用格式的正确性，尽量少复制粘贴大段内容，同时注意间接引用的修改。此外，如果学校使用的是知网查重系统，还需要注意知网查重的特殊标引规则，如知网查重系统对文献类型、引用方式有一定的识别能力，建议查看学校或查重系统的具体规则。
查重系统检测参考文献标红的原因可能如下：
使用的查重系统不准确。如果查重系统对参考文献的检测规则与学校要求的规则不一致，就可能出现参考文献被标红的情况。
引用格式错误。如果所引用的参考文献没有使用正确的格式，或者修改后的格式不正确，系统可能将参考文献识别为文档内容，从而导致标红。
文档段落设置问题。如果文档的段落设置问题导致参考文献被错误识别为正文部分，可能会造成参考文献标红。
使用了不可识别格式的引用。有些查重系统无法识别某些特殊格式的参考文献，例如使用word中的“交叉引用”生成的参考文献部分，可能会被一些查重系统误判为正文部分。
如果参考文献被标红，建议根据学校要求的格式，手动修改参考文献的引用格式，或者联系毕业院校的查重系统或相关指导老师，询问正确的修改方法。
查重参考文献标红的原因及注意事项主要包括以下几点：
1. 引用格式错误：查重系统无法识别引用格式，将按照整个句子进行匹配，如果格式错误，则被认为是抄袭，从而标红。
2. 大量引用：如果论文中大量引用参考文献，查重系统可能会误判为重复其他论文，导致参考文献部分标红。
3. 引用格式不准确：不同的文献引用需要使用不同的引用格式。如果引用的文献没有使用正确的引用格式，查重系统可能无法正确识别引用内容，从而导致参考文献部分标红。
4. 间接引用：如果只是模仿原文语句，没有进行任何修改，查重系统也会认为是抄袭，从而标红。
5. 滥用引用：例如在句中或句末随意加上引用参考文献的内容，查重系统也可能会标红。
为避免以上问题，建议在撰写论文时认真阅读参考文献的引用指南，并使用正确的引用格式，以确保参考文献部分不会标红。此外，还需要注意不要抄袭原文，要适当修改语句，以避免被查重系统识别为重复内容。
